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Als alle erstes, sollte man überprüfen ob die Festplatte von bios erkannt wird und die notwendige Partitionen vorhanden und Filesysteme in Ordnung ist.
Um Filesystem zu checken startet man in Windows Reparatur Modus / Systemreparatur → CLI (command line interface) cmd.
mit diskpart prüft man die erkannte Disks, Volumen, Partitionen. Mit diesem tool aktiviert man auch start partition:

diskpart
list volume X
select volume X
active
exit

Filesystem check mit (C: - zu prüfende Partition):

chkdsk C: /F /R

Es könnten einige Problemen beim booten auftretten, deswegen sollte man am besten eines nach dem anderen überprüfen und testen, und nicht alles auf einem versuchen.
Als alle erstes „Automatische reparatur“ versuchen, wenn dieses nicht hilft, dann geht es nur mit manuellen Eingriffen:

bootrec.exe /fixmbr
bootrec.exe /fixboot

Sollte mehr defekt sein, hilft folgendes:

bootsect.exe /nt60 all /force

attrib -h -s C:\boot\BCD

del C:\boot\BCD
bcdedit /createstore c:\boot\bcd.temp
bcdedit.exe /store c:\boot\bcd.temp /create {bootmgr} /d "Windows Boot Manager"
bcdedit.exe /import c:\boot\bcd.temp
bcdedit.exe /set {bootmgr} device partition=C:
bcdedit.exe /timeout 10
attrib -h -s C:\boot\bcd.temp
del c:\boot\bcd.temp

bcdedit.exe /create /d "Microsoft Windows" /application osloader

bcdedit.exe /set {c0dfc4fa-cb21-11dc-81bf-005056c00008} device partition=C:
bcdedit.exe /set {c0dfc4fa-cb21-11dc-81bf-005056c00008} osdevice partition=C:
bcdedit.exe /set {c0dfc4fa-cb21-11dc-81bf-005056c00008} path \Windows\system32\winload.exe 
bcdedit.exe /set {c0dfc4fa-cb21-11dc-81bf-005056c00008} systemroot \Windows
bcdedit.exe /set {c0dfc4fa-cb21-11dc-81bf-005056c00008} nointegritychecks ON

bcdedit.exe /displayorder {c0dfc4fa-cb21-11dc-81bf-005056c00008}

Achtung: Bitte den Wert {c0dfc4fa-cb21-11dc-81bf-005056c00008} immer durch den Wert ersetzen, den euch dieser Befehl ausgibt:

bcdedit.exe /create /d "Microsoft Windows" /application osloader

Bei o.g. Einleitung ist wichtig zu wissen, welche Partition „Windows-Start-Manager“ und welche „Windows-Startladeprogramm“ ist, dieses ist oft der Fall wenn man eine 100GB - „System-reserviert“ Partition hat.

Sonstige Parameter Erklärungen sind hier entschlüsselt.

Mit entsp. boot Medium (je nach OS Type und Architektur) in CMD Reparatur Modus starten.
Folgende Befehle abgeben (unter Beachtung der entsp. Laufwerksbuchstabe Eingabe):

bootrec.exe
bcdedit /export C:\BCD_Backup
c:
cd boot
attrib bcd -s -h -r
ren c:\boot\bcd bcd.old
bootrec /RebuildBcd
bootrec /fixmbr
bootrec /fixboot

Danach reboot und erneut automatische Reparatur Versuchen.

Hilft es nicht, dann folgendes durchführen (unter Beachtung der entsp. Laufwerksbuchstabe Eingabe):

bcdboot C:\Windows /s C:

P.S.: Und wie immer, handeln auf eigene Gefahr, und am besten mit funktionierender Datensicherung auf einem externen Datenträger.

~~UP~~